Rozwiązanie :
Najprostszym sposobem jest wydrukowanie dokumentu na wirtualnej drukarce PDF. Ja użyłem do tego celu programu PDF Creator ( do pobrania ze strony http://sourceforge.net/projects/pdfcreator/). Chcąc wykasować stronę 10 z dokumentu, który ma 25 stron należy w opcji drukowania wybrać zakres stron 1-9;11-25 i skierować wydruk na drukarkę oznaczona w moim przypadku PDFCreator. Minusem tego rozwiązania jest podwójny wzrost wagi dokumentu.
Innym sposobem jest użycie specjalnego programu. Przetestowałem program pod Ubuntu PDF Mod, który umożliwia usuwanie, obracanie stron itp. . Poniżej instrukcje, które instalują repozytorium i program.
sudo add-apt-repository ppa:pdfmod-team/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install pdfmod
Dostęp do programu : Programy->Akcesoria->PDF Mod